故事发生在天保14年的江户。当时在老中?水野忠邦实施的财政紧缩政策之下的老百姓生活在极度困扃中。国内government的压迫，加上外国殖民者入侵的威胁，在江户的大街小巷中弥漫着一种不安的气氛。在不为世人所知的地下，存在着一个秘密的神社。这个神社表面上对外称是对外国传入的学术文化进行研究调查的『蛮社改所』，而实际上则是专门对付各国潜入日本的『妖夷』，并负责将他们秘密抹杀的government隐蔽机...

在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形...